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越冬池及越冬鱼在入池前要进行消毒处理，既防止将其他环境中的鱼类病害带入越冬池，也防止越冬池的有害病原体及生物对越冬鱼造成感染而发生鱼病。
越冬池的消毒处理一般可用生石灰和漂白粉等。生石灰的用量为每10平方米0.8--1.1千克，在保持水深7--10厘米的条件下化浆全池均匀泼洒，7天后即可放鱼入池越冬。用漂白粉消毒时，每立方米水体用量为20克，在塑料及木制器具中化浆全池泼洒，3天后即可放鱼入池越冬。
给鱼体消毒能将鱼体上的病原体杀灭，防止越冬期间的疾病蔓延。一般采用浸洗法，常用的消毒药物有漂白粉、硫酸铜合剂，每立方米水体加漂白粉10克、硫酸铜8克，在水温20℃时浸洗鱼体15--30分钟；或用3%--4%的食盐水浸洗鱼体5--10分钟；若用呋喃唑酮，每立方米水体用20克，水温20℃时浸洗鱼体10--20分钟。
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